Nhờ vai trò và vị trí lễ nghi trong thời Asuka, gia tộc Nakatomi là một trong những phe phái bảo thủ nhất phản đối việc truyền bá đạo Phật vào Nhật Bản trong thế kỷ 6. Tuy vậy, tới thời Nakatomi no Kamatari vào đầu thế kỷ thứ 7, gia tộc này thay đổi quan niệm, có lẽ là vì lòng trung thành và sự liên hệ mật thiết với Hoàng thất. Nhà Nakatomi đi theo Thái tử Shotoku, người có lẽ là ủng hộ đạo Phật mạnh mẽ nhất trong lịch sử Nhật Bản và sau đó là Hoàng tử Naka no Ōe, tiêu diệt gia tộc Soga, gia tộc đang nắm quyền thời đó (xem Sự biến Isshi).

Gia tộc Nakatomi sớm bị nhiều gia tộc khác ganh tỵ vì quyền lực và uy thế tại triều đình cũng như sức ảnh hưởng tới việc kế vi của Hoàng tộc. Tuy vậy, cho dù không nhiều vinh hoa phú quý như các giá tội khác, vào giữa thế kỷ thứ 7, tộc trưởng nhà Nakatomi vẫn là người quyền lực nhất nước Nhật [1]. Kể cả trong thế kỷ thứ 8, các thành viên nhà Nakatomi vẫn duy trì được địa vị lễ nghi của mình, truyền đời giữ chức vị đứng đầu Thần kỳ quan (Jingi-kan, tức cơ quan coi sóc việc tế lễ) thành lập năm 701 theo bộ Luật Taihō.